O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não comprometerá a experiência do jogo principal. Os jogadores podem selecionar Naoe, uma shinobi feminina, ou Yasuke, um samurai africano histórico-uma escolha que gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre os personagens, jogando de 3 a 5 horas com um antes de mudar para o outro por 2-3 horas.
No entanto, Dumont enfatiza que uma preferência por um personagem não dificultará significativamente a experiência geral. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a interpretar como seu personagem preferido:
"Acho que você não sentirá muita falta. Depende realmente do seu estilo de jogo. Você pode pensar: 'Vou ver como o jogo se adapta à minha escolha de personagem.' Cada herói tem apresentações únicas e missões dedicadas, mas a experiência principal é flexível.